- ارواح العالمين فداه - طى چند نامه‌اى ، شيخ را برادر خود خوانده است . 9 سيد مرتضى علم الهدى و برادرش سيد رضى از شاگردان و پرورش يافتگان مدرسه اويند . 10 سيد مرتضى نيز از جايگاه علمى و سياسى ويژه‌اى برخوردار بود . شيخ طوسى از حوزه درسى سيد - عليه الرحمه - در علم كلام و فقه و اصول استفاده كرد و اكثر آثار سيد را بر وى قرائت نمود . 11 شيخ ، كتاب الشافى سيد را تلخيص و بخش اصول كتاب جمل العلم و العمل وى را شرح كرد . شيخ الطائفه از سبك سيد در فقه و اصول و كلام پيروى نمود و دو كتاب خلاف و مبسوط را به روش سيد نگاشت . 12 شيخ درباره وى مىفرمايد 13 : « پيشتاز در علومى چون كلام ، فقه ، اصول ، ادبيات و غيره بود بر فضل و دانش او اجماع است . » نجاشى ( 450 ) نيز وصف مشابهى دارد 14 : « خازن العلوم ، لم يدانه فيه احد فى زمانه . . . » و ابو القاسم تنّوخى ( 447 ه ) كه از اساتيد شيخ است مىگويد 15 : « كتابهاى وى را تا 80 هزار شماره كرديم ! » پس از وفات سيد ، مقام والاى مرجعيّت به شيخ منتقل گرديد . برجستگى علمى و نفوذ مذهبى و اجتماعى شيخ موجب گشت كه خليفه عباسى « القائم » كرسى علم كلام را به وى عطا كند . 16 طبيعى است كه شيخ به عنوان مرجع كل و رهبر شيعيان در قرن پنجم ، ابتدا در بغداد و سپس در نجف ، محل رجوع مردم باشد ؛ بطورى كه گروههاى مختلف مردم جهت پرداخت وجوه و پرسيدن مسائل شرعى خود ، آهنگ وى مىنمودند . 17 ليكن ديرى نپاييد كه با ورود طغرل بيك به بغداد . در سال 448 ، مخالفين به منزل وى يورش برده و كتابخانه و كرسى علم كلام و ديگر وسائل منزل وى را به آتش كشيدند و شيخ ناچار به نجف اشرف هجرت كرد . شيخ بزرگ در جوار بارگاه امير مؤمنان ( ع ) به بحث و تحقيق و تأليف خود ادامه داد و خدمت شايانى به اسلام نمود و گام بلندى در احياى فرهنگ غنى تشيع برداشت و آن ، تأسيس نخستين دانشگاه اسلامى در نجف است . فرزند فرزانه و دانشمند شيخ « ابو على » ملقّب به مفيد ثانى ، 18 پس از پدر